São Sebastião possui excelentes pontos de mergulho, com destaque especial para a Ilha de Alcatrazes, que na verdade é um arquipélago localizado bem em frente à Praia de Boiçucanga, mas que pode ser avistado de quase toda a costa da cidade. É visitado por muitas espécies de pássaros, e possui ricas fauna e flora marinhas. Possui águas claras e transparentes, com visibilidade que no verão chega aproximadamente a 20 metros. Excelente tanto para mergulho livre quanto autônomo, e os principais pontos são o Farol, o Saco do Funil e o Saco do Oratório.
 
Outra Ilha importante para o mergulho é a do Montão do Trigo, que fica a aproximadamente 6 milhas da costa e tem visibilidade média de 10 metros no verão. Também possui fauna e flora de grande riqueza, principalmente nas tocas e grutas formadas na parte de costa rochosa da ilha.
 
Em dias de mar mais calmo, inúmeras praias podem ser uma boa opção para iniciantes.